以后的年代里，周家口曾屡遭兵燹战乱，关帝庙均深受其害。光绪十五年（1889年）7月，钟鼓楼毁于大火。后来，山门、照壁等建筑均遭到毁坏。现在的关帝庙前门，比着当时已经缩短了很多。
1944年5月，豫东沦陷，日军从漯河进犯，占领周家口后奸淫烧杀、无恶不作。同年8月16日，日军扒开南寨沙河堤，淹没街道30多条，房屋6000多间，淹死冲走老百姓200多人，致使商水、项城、沈丘秋庄稼颗粒无收。周家口关帝庙也未免劫难，楹联匾额、门窗槅扇有的被日寇付之一炬。现仅存石牌坊、春秋阁廊柱石雕对联，大火烧不烂，才幸免一难。日军指挥部设在关帝庙。日本人喜欢洗澡，日军指挥官吉野大佐一次命日本兵为其烧水洗澡。日本兵在关帝庙飨殿前支起大锅，架上劈柴。大火熊熊，劈柴全部烧光，但水仍未烧热。日本兵见飨殿檐下及立柱上有很多透雕，雕有“凤凰牡丹”、“二龙戏珠”、“福禄博古”的图案，想用这些透雕当柴烧。谁知刚用刺刀挑下几块，大殿旁拴着的几匹战马忽然惊了，前蹄腾空跃起，“咴咴”惊叫。随后，一阵狂风，把刚才还熊熊燃烧的大火一下子吹灭了。日军指挥官吉野是个中国通，他知道士兵的不规，惹怒了关帝神灵。忙集合日军士兵在飨殿前跪拜，祈求神灵宽恕。并下令日军指挥部撤出关帝庙，移至南岸的西顺河街东口（原川汇区政府前面）。日军在周口期间，曾经毁坏的建筑物不计其数，包括清光绪年间建造的具有江南园林风格的古建筑群黄杏樵别墅。一年之后的1945年8月，日军在关帝庙飨殿前举行投降仪式，向中国军队交出了全部武器。
